Una hipótesis conceptual o hipótesis sustantiva es una etapa en la formulación de hipótesis científicas que establece una relación de tipo general entre conceptos, variables o factores relacionados con un fenómeno, sin llegar a concretar ni el tipo ni la magnitud de la relación entre ellos. Se plantea como punto de partida en una investigación y se formula de forma teórica y verbal, sin llegar a plantearla en términos cuantitativos. Por ejemplo, una hipótesis sustantiva sería aquella que afirma que el rendimiento académico aumenta cuanto mayor es el nivel socioeconómico de la familia del alumno.
A partir de la hipótesis conceptual de construirse una hipótesis operativa, frecuentemente una hipótesis estadística, que será la que finalmente deba contrastarse y verificarse a la luz de los datos, para en última instancia aceptar o no la hipótesis conceptual original.